โขงแล้งน้ำเป็นภาพยนตร์สั้นความยาวประมาณ 10 นาที เสนอเรื่องราวโรงงานร้างแห่งหนึ่งกับสายน้ำ โดยนำภาพที่อาจจะเกิดขึ้นในอนาคตมานำเสนอหากมีการสร้างเขื่อนเสร็จสิ้น - แม่น้ำจะเต็มไปด้วยต้นแคตตัส แต่หนังมีอะไรมากไปกว่าภาพเหตุการณ์น้ำท่วมของไทยเมื่อปีที่แล้วหรือวิกฤติแล้งน้ำใด ๆ

อภิชาติพงศ์เล่าเรื่องราวของป้าเจนที่เปลี่ยนชื่อใหม่แปลว่า "น้ำ" เหมือนกัน เพื่อนำโชคสู่ชีวิตของตนเอง ป้าเจนแต่งงานใหม่กับอดีตนายทหารที่เคยอยู่เมืองเล็ก ๆ นิวเม็กซิโก หนังเริ่มเรื่องจากฉากที่ป้าเจนกับสามีแฟรงค์กำลังใช้ชีวิตประจำวันที่บ้านใหม่ ริมฝั่งโขง ป้าเจนทำกับข้าว ถักถุงเท้าเด็ก ขณะที่แฟรงค์ทำสวน ดูทีวีปิดเสีย เราจะได้ยินเสียงลมพัดจากแม่น้ำใกล้ ๆ กับการไหลของน้ำ – ป้าเจนและแม่โขง

อภิชาติพงศ์กล่าวว่า โขงแล้งน้ำเปรียบเสมือนงานไดอารีขณะที่เขาไปเยี่ยมป้าเจนกับแฟรงค์ “การไหลของแม่น้ำสองสาย – น้าเจนกับแม่โขง ได้เตือนความทรงจำของเขาที่มีต่อสถานที่เขาเคยไปถ่ายหนังหลายเรื่อง ป้าเจนเป็นคนพาเขาไปดูแม่น้ำแห่งนี้ ได้รู้จักชีวิตของป้าเจน ประวัติศาสตร์ของสายน้ำและความเชื่อของป้าเจนต่ออนาคต อีกไม่นานคงจะไม่มีน้ำที่นั่น อันเนื่องมาจากการสร้างเขื่อนของจีนกับลาว